Mezinárodnímu tribunálu pro bývalou Jugoslávii se Miloševič vydal dobrovolně v roce 2001. V dubnu 2001 jej uvěznili v Bělehradě. Do Haagu ho vydali v červnu téhož roku. Za válečného zločince jej poprvé označil v červenci 1998 Senát USA, v květnu 1999 jej ICTY obvinil z válečných zločinů v Kosovu. Minulý měsíc mu ICTY neumožnil léčení srdce a vysokého krevního tlaku, které bývalému státníkovi nabízeli v Rusku. V prosinci 1987 převzal moc v Srbsku. Od roku 1991 byl srbským prezidentem, od července 1997 do října 2000 stál v čele JSR.

Milošecvič trval na tom, aby byli k Haagskému tribunálu obesláni mezi 1630 svědky i šéfové velmocí, kteří podpořili bombardování Jugoslávie na jaře 1999 - exprezident USA Bill Clinton, německý kancléř Gerhard Schröder , britský premiér Tony Blair nebo ex-velitel NATO generál Wesley Clark.

"Obvinění vznesená proti mně jsou nestoudné lži a neustálé překrucování dějin," řekl soudu Miloševič. "V mezinárodní veřejnosti se vytvořil deformovaný obraz toho, co se stalo v bývalé Jugoslávii, a ten se stále udržuje, aby se mohli vyhnout odpovědnosti skuteční viníci."

Podle požadavku advokátů měl být znovu povolán ke křížovému výslechu generál Clark a vypovídat zejména o bombardování Kosova jednotkami NATO, které začalo v březnu 1999. Generál byl poprvé vyslýchán v prosinci 2003 za zavřenými dveřmi jako svědek jednání, která vedl s Miloševičem jako hlavní vojenský vyjednávač o daytonských mírových dohodách o ukončení války v Bosně. Výslech za zavřenými dveřmi žádala americká vláda s odůvodněním, že jde o citlivé informace, jež by mohly ohrozit její "zákonné národní zájmy". Výslechy v procesu měly skončit v březnu.

Na začátku února 2006 začaly ve Vídni první přímé rozhovory mezi kosovskými Albánci a Srby o budoucnosti jihosrbské provincie Kosovo. Cílem Albánců, kteří tvoří většinu obyvatelstva Kosova, je konečně dosáhnout nezávislosti. Menšinoví Srbové budou naopak usilovat o udržení provincie v rámci Srbska.