Několik poznámek k betakoronaviru – SARS-CoV-2 a nebezpečné chorobě Covid-19

14. 4. 2020 / Michal Giboda

 

Píší tento text při plném vědomi, že většina čtenářů tohoto článku to ví, ale slovo koronavirus fascinuje i po tak dlouhé době jeho použivání. Takže: Slovo koronavirus (coronavirus) bylo do roku 2009 označení rodu virů, od roku 2009 společné označení (nikoli taxonomické jméno) pro čtyři rody virů obsažených v podčeledi Orthocoronavirinae: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus a Deltacoronavirus.

 

Šíří se buď vzduchem, kontaminovanými předměty nebo oro-fekálním přenosem a způsobují závažnější i méně závažná onemocnění zvířat a lidí. U člověka vyvolávají některé druhy viru běžná onemocnění (nachlazení), ale i závažnější virózy.

V roce 2002 byl nově objevený Betacoronavirus, nazvaný SARS-CoV (nově klasifikován jako jedna z forem druhu Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus,) zjištěn jako původce nemoci SARS. V roce 2012 byl objeven nový druh betakoronaviru, nazvaný MERS-CoV (The Middle East respiratory syndrome coronavirus), který způsobuje obdobně závažné onemocnění MERS. Na přelomu let 2019 a 2020 se objevila epidemie respirační choroby Covid-19 v čínském městě Wu-chan a v jeho okolí. Původcem je nový typ betakoronaviru – SARS-CoV-2, nebezpečné choroby Covid-19.

V roce 2000 vláda Spojených států zahájila program jménem PREDICT jehož náplní bylo pátrání po virech se schopnosti přenosu ze zvířat na člověka a vyvolat pandemii. Financovala ho americká Agentura pro Mezinárodní rozvoj (USAID) a zahájila spolupráci s vědeckými týmy s 31 státy, včetně Číny. Tento projekt byl součásti globálního průzkumu infekčních nemocí. I přes nasazení početných mezinárodních vědeckých týmů se do roku 2010 nepodařilo odhalit koronavirus, který by mohl být zodpovědný za nemoc Covid-19. Protože nebyly očekávané výsledky, v září 2019 USAID zastavila financování projektu PREDICT a dokument podepsal prezident Trump. Účastniíci projektu odhadují, že až 600 000 virů, možná i více, má schopnost přenosu ze zvířat na člověka.

Vědci z univerzity v Cambridge registrují celkem tři základní typy nového typu koronaviru SARS-CoV-2, způsobujícího nemoc Covid-19. Od prosince 2019 do letošního března lze podle zprávy sledovat typy A, B a C, které jsou si však velmi blízké a zásadní odlišnosti v rychlosti šíření či závažnosti onemocnění potvrzeny nejsou.

Typ A je nejblíže původnímu onemocnění netopýrů a vyskytuje se nejčastěji na západní m pobřeží Spojených států a v Austrálii. Typ B se z typu A se brzy vyvinul a rozšířil v čínském Wu-chanu a je nejčastější v některých státech Evropy jako Velká Británie, Švýcarsko, Německo nebo Belgie. Třetí typ C mutuje hlavně v Evropě a na starý kontinent se měl dostat ze Singapuru. Některé typy mají další podtypy, někteří vědci uvádějí, že kmenů viru je celkem osm. Rozdíly mezi nimi jsou zanedbatelné.

V denních tiskových zprávách o vývoji epidemie Covid-19 se často používá nesprávné slovní spojení „6 tisíc pozitivně testovaných případů Covid-19“. Covid-19 je diagnóza, stanovená laboratorními testy na přítomnost viru SARS-CoV-2 prostřednictvím nasofaryngeálních vzorků slin a způsobuje nemoc Covid-1.

Odběr vzorků nosohltanu je invazivní postup, který je pro pacienta nepříjemný a představuje pro zdravotnické pracovníky riziko infekce. Sebrané sliny jsou pro pacienty mnohem přijatelnější a pro zdravotnické pracovníky jsou bezpečnější, uvádějí Kelvin To a jeho kolegové v The Lancet, Infectious Diseases, 23. 3. 2020. Tato studie kohorty 23 pacientů přijatých do nemocnice s Covidem-19 jasně ukazuje proveditelnost použití slin pro sledování virové zátěže.

U těchto pacientů dosáhla virová zátěž maxima během prvního týdne nemoci a poté během druhého týdne postupně klesala. Ukázalo se také, že virové zatížení koreluje s věkem.

Tato zjištění mají několik praktických důsledků. Za prvé, vysoká virová zátěž během rané fáze nemoci naznačuje, že pacienti by v tomto období mohli být nejvíce nakažliví, a může to odpovídat za vysokou přenositelnost SARS-CoV-2.

Navíc vysoká virová zátěž naznačuje, že SARS-CoV-2 by mohl být citlivý na vznik antivirové rezistence. Za druhé, věk byl v této studii spojen s virovou zátěží, která mohla vysvětlit vysoký stupeň závažného onemocnění u starších pacientů se SARS-CoV-2.

Vysoká virová zátěž u starších pacientů je spojena nejen s nízkou imunitou, ale také s vysokou expresí ACE2 receptoru (buněčného vstupního receptoru pro SARS-CoV-2) u starších dospělých. Prof. L. Machala v diskusích k výbornému článku K. Wagnera v Neviditelném psu „O tom velkém testování“ z 10.4.2020 napsal: „Já bych chtěl začít dělat testy ze slin u nás taky - je to jednoduché na odebírání a dost možná spolehlivější, nežli krevní protilátky. Slizniční odpověď musí být přítomná prakticky vždy.“

Dovolte osobní poznámku – s Prof. L. Machalou jsme začínali profesní kariéru na Parazitologickém ústavu ČSAV v Českých Budějovicích v roce 1982. Po povinné vojenské službě odešel prof. Machala do Prahy na Bulovku.

Dalším údajem uváděným v denních přehledech je kolonka „Počet zotavených, někdy uváděných jako uzdravených“.

Zde je namístě se ptát, kdo jsou ti zotavení, čí uzdravení. Jsou to hospitalizovaní pro závažné klinické příznaky nemoci, nebo kvůli pozitivnímu laboratornímu testu na přítomnost viru SARS-CoV-2 v slinách nosu a hrdla, ale pro lehký průběh pozdržení v domácí karanténě a u nichž při opakovaném testu už virus už nebyl přítomen, nebo jsou to hospitalizovaní, ale léčení jen symptomatologicky (léky proti kašli, ke snížení horečky) nebo léky proti malárii, proti HIV a jinými, protože kauzální lék (zacílený proti viru SARS-CoV-2) zatím není.

Další údaj v přehledech tisku je o „Provedených testech“. Nejprůkaznější test na infekci virem SARS-CoV-2 je průkaz jeho RNA metodou PCR. Polymerázová řetězová reakce (PCR, anglicky Polymerase Chain Reaction) je metoda rychlého a snadného průkazu nukleové kyseliny viru v klinickém materiálu, konkrétně jde o nazofaryngeální stěr.

Všechny pozitivní a nejasné vzorky musí být zaslány ke konfirmaci do Národní Referenční Laboratoře (NRL) v Praze. Profily protilátek kohorty pacientů přijatých do nemocnice s Covid-19 ukázaly, že protilátky IgG a IgM se začaly zvyšovat přibližně 10. den po nástupu příznaků a většina pacientů měla sérokonverzi během prvních 3 týdnů (sérokonverze je doba, po kterou se specifická protilátka vyvíjí a stává detekovatelná v krvi).

Konečně hladina protilátek IgG a IgM proti vnitřnímu nukleoproteinu SARS-CoV-2 a vazebné doméně receptoru povrchové špičky korelovala s neutralizační aktivitou. Načasování sérokonverze protilátek je rozhodující pro stanovení optimálních časových bodů pro odběr vzorků séra pro testování protilátek pro diagnostiku. Například imunokompromitovaní pacienti mohou mít vyšší virovou zátěž, prodloužené uvolňování virů a zhoršenou protilátkovou odpověď.

Tato informace je dále důležitá pro imunology, aby si vybrali nejlepší časové body pro získání B buněk periferní krve pro vývoj terapeutických monoklonálních protilátek.

Dalším testem v diagnostice COVID-19 jsou Rychlotesty. Jejích výhodou je, že k stanovení protilátek využívají kapku kapilární krve z prstu po píchnutí lancetou či odběrovým perem. Jedná se o chromatografický test pro kvalitativní detekci anti-SARS-CoV-2 protilátek IgM, ranní fáze infekce a IgG protilátek převažujících v pozdější době infekce.

Tyto testy jsou určeny především pro osoby kterým končí karanténa, kteří měli více jak před týdnem nějaké příznaky a chtějí si ověřit, zda neprodělali Covid-19 a kteří měli Covid-19, úspěšně se uzdravili a chtějí si otestovat protilátky. Test je považován pouze za pomocný, v případě pozitivního výsledku je nutné jej ověřit ještě testem na přímý průkaz přítomnosti viru metodou PCR. Podle zkušeností z několika laboratoří v ČR trpí rychlotesty vysokým procentem falešně pozitivních i falešně negativních výsledků.

S úmyslem přispět ke zkvalitnění a  upřesnění diagnostických postupu Covid-19 problémech, jsem poslal dopis profesoru RNDr. Ladislavu Duškovi, Ph.D, řediteli, Ústav zdravotnických informaci a statistiky ČR.

Vážený pan řediteli.

Jsem tropický pazitolog s dlouhodobými pobyty v mnoha tropických zemích. To, co bych vám rád sdělil, se váže k mému pobytu v Centru malárie v Kambodži v roce 1985 (pět let po Pol Potovi nebylo čím léčit pro zkříženou rezistenci Plasmodium falciparum ke všem na trhu dostupným antimalarikum. Jedinou terapií byla kombinace chinin+tetracyklin). WHO nám dodávala nově syntetizovaná antimalarika a my jsme je testovali metodami in vivo a in vitro (kultivovali jsme parazita). V příloze je tabulka zápisu in vivo testu ke meflochinu a kombinaci (nově syntetizovaného léku): meflpchin+sulfadoxin+pyrimetamin.

Měřili jsem denně množství parazitů v krvi a další hodnoty uvedené v tabulce (omlouvám se za angličtinu, ale je to zkopírované z publikace). V případě testu koronaviru na léčebný efekt existujících antimalarických léků i jiných je nutné jeho denní měření v jednotkách, které se už používají na měření intenzity infekce (virus load). Toto by bylo nutno dělat při zavádění nových léčebných schémat.

Prof. Prymula uvádí, že průběh nemoci je "dvoufázový" podle M a G typu protilátek. Z tohoto měření by snad bylo možno tomu porozumět. U malárie P. falciparum jsem u rezistentních kmenů rovněž pozorovali "opakovanou klinickou formu malárie v důsledku tzv. rekrudescence“, t.j. malá populace rezistentních kmenů byla pod hranicí 10 000 asexuálních stadii v 1 mikrolitru krve a průběh byl inaparentní.

Jak se náhle počet parazitů zvýšil, onemocnění se vrátilo - bylo to obyčejně po 28 dnech. Když porovnáme reprodukční dobu malarického parazita s virem COVID-19, je to celkem pravděpodobné ,že by mohlo jít o zapomínané rekrudescence. Netvrdím, ale ani neodmítám.

Oprava: Původně sem dr. Giboda umístil záběr "španělské výzkumnice", která údajně apelovala na financování vědy, chtějí-li lidé, aby byl problém koronaviru vbrzku vyřešen. Záběr jsme odstranili, byl falešný.

1
Vytisknout
6167

Diskuse

Obsah vydání | 21. 4. 2020